了解新疆维吾尔自治区人民医院住院严重急性呼吸道感染(Severe acute respiratory infection,SARI)病例呼吸道病原的构成及主要病原的流行规律,为SARI的防控提供线索和依据。应用多重PCR方法对2015年8月至2016年7月期间在新疆维吾尔自治区人民医院儿科、呼吸科、急诊科住院,且符合SARI病例定义的每周二、周四、周六新入院的患者进行检测。347份标本中检出14种呼吸道病原,未检测出衣原体,检出病毒阳性标本144份,阳性率为41.50%,检出前4位的病毒依次是,流感病毒72份、鼻病毒18份、呼吸道合胞病毒15份、偏肺病毒和副流感病毒各13份,阳性率分别为为20.75%,5.19%,4.32%,3.75%,3.75%,检出细菌阳性标本数为155份,阳性率为44.67%,其中肺炎链球菌阳性108份、流感嗜血杆菌阳性62份,肺炎支原体阳性13份,阳性率分别为31.12%、17.87%、3.75%;在108份肺炎链球菌阳性标本中41份标本合并病毒感染。新疆维吾尔自治区人民医院SARI病例病原主要以流感病毒,肺炎链球菌和流感嗜血杆菌为主,各年龄组均有检出,检出病原阳性高峰为冬春季;5岁及以下标本中检出腺病毒和百日咳杆菌会增加收住ICU的风险。