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2016年7月,李秋任职重庆医科大学附属儿童医院院长。履新之初,医院面临五个方面的挑战:高、精、尖技术需要进一步发展;人才培养要"加速度";临床研究平台须迈上新台阶;学术水平有待扬长补短进一步提升;医疗服务须更具特色和优势,以满足广大儿童和家庭日益增长的多样化、多层次和高质量医疗卫生保健需求。