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本文主要从民办高校处于发展关键转型期，面临生源数量进一步下降、办学资金来源单一、优秀师资大量流失、学生就业质量不高、科研与社会服务功能薄弱及社会声誉下降等风险出发，强调民办高校进行内部改革的必要性，分析了民办高校推进校院两级管理的优势，并提出了完善法人治理结构，调整部门职能，合理分权，推行校院两级目标管理，下放人权、财权及完善监督考核体系等推进措施。