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混沌序列加密主要是利用由混沌系统迭代产生的序列。作为一种非线性序列，该序列结构复杂难以分析和预测。通过迭代，将初始域扩散到整个相空间，类似于传统密码算法通过加密轮产生预期的扩散和混乱，而混沌映射的参数可以作为加密密钥；同时，混沌序列还具有较宽的频谱、对初始条件十分敏感等特点，这样的特性使得混沌序列加密系统能够抵抗基于频谱分析和穷尽搜索攻击，因此对混沌序列进行正确的长期预测是不可能的。