由于年代久远、保存环境简陋、材质脆弱,再加上洪水、沙尘等自然灾害和人为的破坏,现存古代壁画产生了不同程度不同种类的病害。要对这些壁画进行预防性保护或对病害进行修复,需要根据病害的类型采取不同的措施。其中一项重要的过程是在所获取的图像上对病害的类型、程度和区域进行精准的标识,为修复或监测分析工作奠定基础。敦煌莫高窟等遗址保存壁画的规模巨大,而目前壁画病害的标识一般使用通用工具如Auto CAD等,这类工具存在着专业针对性差,学习周期长,操作繁琐等问题,很难满足病害标识工作的需要。通过对古代壁画病害标识工作的调研,本文设计了一种专业针对性强,学习周期短,操作简捷,功能全面的古代壁画病害标识系统。通过在敦煌莫高窟的实际应用,证明本系统可以减轻病害标识工作的繁重程度,极大地提高病害标识工作的效率。