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蛋白质相互作用预测是生物信息学研究的重要问题之一．提出了一种基于物理化学性质优化的蛋白质相互作用预测方法，与现有方法的显著不同就是，并未使用已知的氨基酸残基的物理化学性质．而是通过粒子群算法优化得到有益于相互作用预测的物理化学性质数值．对真实的数据集测试表明．优化得到的物理化学性质比现有的物理化学性质更有益于提高蛋白质相互作用的预测性能，与其它方法相比，也具有一定的优势，说明该方法是一种有效的蛋白质相互作用预测方法．