细菌紫红质中氢键相互作用和质子转移机理的分子模拟

来源 :化学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：aiyi23_2008

【摘要】

：

用CHARMM程序以细菌紫红质1R84晶体为模型，模拟了在等温定容条件下细菌紫红质在1ps过程中的变化，分析了与质子传递相关的ASP85，ASP212和水分子与视黄醛间氢键的结构变化情况．考虑

【作者】

：

卢涛李象远

【机构】

：

四川大学化工学院四川大学纳米生物医学技术与膜生物学研究所

【出处】

：

化学学报

【发表日期】

：

2008年4期

【关键词】

：

细菌紫红质视黄醛质子传递氢键 bacteriorhodopsin retinal proton transfer hydrogen bond

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用CHARMM程序以细菌紫红质1R84晶体为模型，模拟了在等温定容条件下细菌紫红质在1ps过程中的变化，分析了与质子传递相关的ASP85，ASP212和水分子与视黄醛间氢键的结构变化情况．考虑到氨基酸残基和席夫碱质子的不同距离，考察了EC和PC两种结构的变化情况，探讨了紫红质中质子传递的可能途径．模拟结果表明1R84中可能的质子连续传递的机理是质子由席夫碱向水传递，再由水向ASP85传递．发现Asp212在模拟过程中保持EC结构，这样可能更有利于顺序质子传递．

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