【目的】比较强降雨前后鱼菜共生池塘水质和浮游植物及其细菌群落结构的变化情况，为揭示鱼菜共生养殖系统的稳定性及建立科学有效的鱼塘夏季生产管理技术提供理论依据。【方法】在夏季主养鲢（Hypophthalmichthys molitrix）和鳙（Aristichthys nobilis）的池塘中，分别设空心菜浮床（覆盖率为18%）处理组和无浮床对照组，根据气象预警信息，在强降雨前后分别检测各处理池塘水体的水温（WT）、透明度（SD）、pH、溶解氧（DO）、五日生化需氧量(BOD5)、氨氮(NH4+-N)、总氮（TN）、总磷（TP）、高锰酸盐指数(CODMn)、叶绿素a（Chla）含量，以及浮游植物的种类组成、丰度、生物量和多样性指数，水体的细菌群落结构和Alpha多样性指数，对比分析强降雨对鱼菜共生池塘生态系统的影响。【结果】夏季强降雨可显著降低养殖池塘水体的WT和DO浓度（P<0.05，下同），使处理组和对照组水体的NH4+-N浓度分别显著上升90.53%和130.50%，浮游植物总生物量分别显著增加405.26%和152.33%。强降雨后处理组的浮游植物种类组成、丰度和多样性指数均无显著变化（P>0.05），种类组成稳定为绿藻—硅藻—蓝藻型，而对照组的浮游植物种类增加42.86%，其种类组成由绿藻—蓝藻—裸藻型转变为绿藻—硅藻—蓝藻型，Shannon指数、Pielou指数和Margalef指数分别显著增加97.93%、80.65%和60.65%，浮游植物丰度显著减少68.01%；强降雨后处理组蓝藻门浮游植物的相对丰度增加，绿藻门、硅藻门和裸藻门浮游植物的相对丰度减少，颗粒直链藻优势度下降，而对照组蓝藻门浮游植物的相对丰度减少，绿藻、硅藻和裸藻门浮游植物的相对丰度增加，颗粒直链藻优势度上升；强降雨后处理组水体细菌的丰度和多样性减少，放线菌门的相对丰度减少，而对照组水体细菌的相对丰度增加，多样性无明显变化，放线菌门的相对丰度增加；处理组与对照组水体蓝细菌门的相对丰度均增加，变形菌门的相对丰度均减少。【结论】相对于无浮床池塘，强降雨后鱼菜共生池塘水质和浮游植物群落的稳定性更高，更有利于水产养殖动物生长，但其细菌群落的丰度和多样性减少。生产上可在强降雨后使用微生物制剂调节水质，以维持池塘微生态系统的稳定，确保养殖动物健康生长。