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目的：将神曲的传统杂菌发酵改进为单一菌种发酵，对不同菌种发酵神曲的质量进行比较，以优选较佳菌种。方法：从自行发酵神曲中分离菌种，与另2个菌种分别进行单一菌种发酵，以成品神曲的化学成分、酶活力及对小鼠消化功能影响等为评价指标，进行质量比较。结果：分离得到4菌种，以其中1种毛霉属的霉菌作为发酵菌种所得神曲质量较优。结论：单一菌种发酵能够解决真菌毒素问题，保证神曲质量和用药安全，新工艺可行。