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黍稷是起源于我国的古老作物之一，抗逆性强且遗传多样性丰富，EST-SSR已成为植物遗传多样性分析以及指纹图谱和遗传图谱构建的重要工具。选取来自黑龙江、陕西、内蒙古、青海、波兰以及印度共6个不同地理区域的黍稷为试验材料，以前期黄黍稷（00005272）与镇原大黍稷转录测序结果选取114个EST-SSR三碱基重复标记，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选具有多态性的引物，利用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数。结果表明，43对引物具有多态性（多态率为37.7%）,43个EST-SSR标记的碱基重复类型有24种，GCG三核苷酸重复类型占12%。引物分辨率Rp值平均为2.09，其中，Rp值介于2.0～2.5的标记频次最多（15个），介于0～1.0标记频次最少（2个）；■值平均为0.74。43个EST-SSR标记共有118个等位基因变异（平均2.744 2个），有效等位变异（Ne）为1.851 9～2.941 2（平均为2.401 1）；多样性指数（Ⅰ）为0.562 3～1.098 6（平均为0.916 0）；观测杂合度（Ho）为0.166 7～1.000 0（平均为0.549 2）；期望观测杂合度（He）为0.428 6～0.750 0（平均为0.632 1）;Nei’s期望杂合度（Nei）为0.375 0～0.666 7（平均为0.566 5）；多态性信息含量（PIC）为0.239 2～0.810 2（平均为0.625 2），说明43对EST-SSR引物为高度多态性引物，可以用于栽培黍稷的指纹图谱构建和种质遗传多样性分析。