股权结构的设计与控制权的配置对于上市公司来说是始终需要面对的的问题。近年来,我国大力倡导创业与创新,越来越多的上市公司以优秀的产品和卓越的创新精神异军突起,走在了世界的前列,也极大地改变了我们的生活方式。值得注意的是,这些企业成功的背后往往离不开巨额资本的支持,在这个过程中企业的股权结构会不可避免地发生明显的改变,并进一步对其公司治理产生直接的影响。另一方面,股权结构的变动所引发的控制权争端屡见不鲜,令雷士照明、万科集团等著名企业深陷其中的控制权争夺事件凸显了企业创始人和大股东之间在管理理念和经济利益等方面可能存在难以调节的的矛盾与冲突,也引发了社会和学术界对于股权结构和控制权配置问题的关注。与此同时,以阿里巴巴为代表的一批国内优秀的互联网企业采用多层股权结构赴海外上市,实践证明它们在股权结构上的锐意创新成功解决了控制权配置的问题,避免了控制权争端和恶意收购等事件的发生。本文以多层股权结构下的控制权配置为主题。首先,本文对于控制权与多层股权结构相关文献进行回顾和评述,并进行理论分析。其后以近期发生的著名控制权争夺事件为引子对传统的单层股权结构与控制权配置的特点与困境进行分析,并与特殊的多层股权结构的控制权配置进行对比分析。其后以阿里巴巴集团为案例,详细梳理了其三个主要阶段的股权结构变动及各时期控制权配置的特点与基础,并详细分析阿里巴巴面对控制权争端所采取的特殊多层股权结构设置——“合伙人制度”,重点解析其在控制权配置中所发挥的重要作用,此外对阿里巴巴特殊股权结构设计对于其公司治理的影响进行梳理,探讨其存在的问题和局限性。最后结合前文的对比分析与案例分析,对我国上市公司和监管机构对于股权结构和控制权配置上的创新提出设计与监管方面的建议。本文的研究意义主要在于通过对传统股权结构控制权配置的困境与多层股权结构下控制权配置,为解决我国创新型企业的股权结构设计与控制权配置,以及深化我国资本市场改革提出建议。以往我国文献对于多层股权结构的研究相对较少,且多集中于法学层面,本文创新点主要在于着眼控制权配置的角度,对不同股权结构下控制权配置的模式及基础进行了解析,且结合实际案例,与实务联系更为密切。