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由于数据在空间上表现出自相关性，使得科技资源投入对产出的作用具有区域差异性。基于前期研究对此关注不够，本研究采用突变级数法、ESDA及地理加权回归模型对1998年、2005年及2013年中国科技资源投入产出的时空差异演变进行了探讨，结果表明：（1）科技资源投入和产出都具有显著的空间集聚态势；（2）科技资源投入对产出具有显著的正面影响，但是其影响有下降的趋势；（3）GWR模型比OLS模型更好地模拟了数据；（4）科技资源投入产出的效果具有明显的空间差异性，自东向西成“梯形”分布．且这种趋势还在不断强化。