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高校研发投入和创新产出关系是学术界长期关注的话题之一。已有高校研发投入与创新产出关系的研究多以总量指标来衡量研发投入,然而,总量指标会掩盖研发资源的结构与特征,并不能全面反映高校研发投入与创新产出的关系。构建反映不同结构与特征的研发投入与产出关系的实证分析模型,利用第二次全国R&D资源普查数据,探讨不同研发经费结构和人员特征对高校创新产出的影响。结果表明:不同类型和来源的高校研发经费,以及不同学历、性别和研发工作性质的高校研发人员投入对高校创新产出有着不同的作用和影响。