目的本文根据近十年来中医疫病研究现状,结合中医疫病论治理论发展历程,选取明末医家张介宾、吴有性的疫病论治思想作为研究对象,进行对比研究,一方面弥补当下中医疫病研究中同时期中医医家疫病论治思想对比研究的不足,一方面通过对比研究,进一步发掘伤寒与温病理论在疫病论治上的异同,以期对当代中医疫病论治理论和临床实践有所裨益。方法本文以文献研究为主,结合当代数据挖掘技术,以《景岳全书》和《温疫论》为主,结合相关资料,对张介宾和吴有性疫病论治思想进行全面的发掘分析及对比研究,一方面通过文献研究,在梳理中医疫病论治发展历程的基础上,对两位医家的疫病论治理论的学术思想、学术背景、学术价值进行对比分析,另一方面使用Excel、IBM SPSS Statistic 22.0软件、IBM SPSS Modeler 18.0软件等对张介宾、吴有性的治疫方药进行频数分析、聚类分析、关联性规则分析,综合两方面研究结果,进而总结两位医家疫病论治思想的异同。结果张介宾与吴有性在治疗疫病上虽皆重视解其郁闭、通其气血、保养胃气,皆吸收前代医家医学理论,但两位医家在疫病论治的学术思想、学术背景、学术价值等方面差异明显。张介宾受理学、《内经》《伤寒论》的影响,以伤寒治疫,所治疫邪以寒为主兼涉时气及风热邪毒,疫邪传变由表及里,治疗上重视固护正气,治疫六法中以汗散、温补为主,慎用寒凉及下法;吴有性受明末实学影响,以温病治疫,所治疫邪为湿热疠气,疫邪传变先从口鼻入膜原进而表里九传,治疗上重视养护阴津,初期以达原饮燥湿为主以分消湿热,进而根据疫邪传变,或汗或下或吐,尤以下法为重。两位医家的治疫思想对后世皆有影响,尤以吴有性为著。结论伤寒、温病理论作为中医治疫的两大主流学术思想,两者虽然内容不同,但皆重视以通为治,故两种学术可以在以通为治的思想下相互融合,共同服务于疫病论治,这点在新型冠状病毒肺炎的论治中已有所体现。