DNA测序技术的发明改变了近现代分子生物学以及生物化学研究的走向,而人类基因组计划作为基因组学上的里程碑,为后续的基因组研究奠定了坚实的基础。与此同时,测序技术的高速发展大大降低了大型基因组测序的成本,这使得近年有更多物种的基因组进行全基因组测序。并且,近些年出现的第三代长测序技术由于在序列通量和读长上的提升进一步加速了基因组测序的速度。其中,牛津纳米孔公司推出的Nanopore测序技术由于其较低的价格,以及较长的测序序列读长得到了广泛的推广。但是,由于其较高的错误率,由此技术产生的基因组序列中可能会存在一些碱基级别的错误。虽然,之前有研究工作者对Nanopore技术的错误率进行了研究,但是,并没有将其与传统的Sanger测序方法进行系统性比较研究。因此,为了探究基因组测序中最终在碱基水平测序错误产生的原因,以便寻找应对方法,本研究利用BAC宿主细胞中只含有低拷贝外源片段以及其包含的外源片段长度可达150 kb左右的天然特性优势,用不同方法对来自摩擦禾（Tripsacum dactyloides）和大刍草（Zea mays ssp.parviglumis）的两个BAC克隆进行了测序和比较分析。首先选用传统金标准的BAC shotgun方法对这两个BAC克隆进行测序和序列组装。其次,通过自建illumina测序文库的方式对BAC克隆进行双端150 bp的二代测序,此序列作为矫正序列,结合经典Sanger拼装结果得到标准的参考序列。通过使用ONT Min ION测序仪,在使用R9.4.1芯片的情况下对BAC克隆进行连接法和全长测序。对Nanopore产生的原始序列,使用Albacore和最新的Guppy方法进行碱基识别得到基于Nanopore的fastq序列。在提取BAC全长5X,10X,17X,30X,50X,100X,200X,500X,1000X倍覆盖度后,对提取后的Nanopore序列使用canu,Flye,HINGE,NECAT,ra,shasta,wtdbg2进行序列拼装后进行质量评估。最后对每个拼装软件产生的结果,选取部分高质量值的特征结果依次使用racon,medaka进行基于Nanopore自身序列的矫正,再使用pilon进行基于illumina数据的序列矫正。最终和经典Sanger测序产生的BAC序列进行比较。在上述过程中,分别获得了长度168672 bp以及146066 bp的BAC参考序列级别高质量序列。在Nanopore BAC全长测序中成功获取了长度超过160 kb和140 kb的原始序列。在对Nanopore序列进行Albacore和Guppy碱基识别研究时,发现Guppy碱基识别方法相对Albacore碱基识别方法能够将Nanopore序列的原始序列质量值提升3%-4%。而在对Sanger,illumina以及Nanopore进行错误产生原因分析时,发现三种技术在k-mer分布上都有一定的系统偏好性。其中Nanopore在“GGGGG”k-mer的大比例变化较为常见。之后,在Nanopore的长序列拼装及矫正过程中,发现了Nanopore的最终拼装序列和其参考序列在碱基水平上的差异可能与Nanopore原始序列中“GGGGG”k-mer的大比例变化有关。利用获取的BAC全长序列完成了ADH1基因区段的共线性分析,发现玉米B73以及玉米SK在ADH1区段之间存在一定的序列差异性。通过上述研究得出结论,在玉米亲属区域基因组测序中使用Nanopore测序方法,能够得到与金标准Sanger方法高度一致的序列,而Nanopore与传统Sanger方法在最终基因组中产生的序列差异大概率是由于其自身原始序列中的系统误差所产生。