牛轮状病毒(BRV)、冠状病毒(BCV)、病毒性腹泻/粘膜病毒(BVDV)是引起犊牛传染性腹泻的三种主要病毒,犊牛感染后不仅引起严重腹泻及大批死亡而且导致免疫功能下降,容易继发细菌感染给养牛业带来严重的经济损失。新疆北疆地区是全疆主要的奶牛生产基地,但有关三种犊牛病毒性腹泻病原的系统调查未见报道。为此,本研究自2014年1月至2016年1月,从新疆北疆石河子、沙湾、奎屯、呼图壁、博乐等地区的7个主要规模化奶牛场采集1月龄以内犊牛粪便、肠内容物、血清样品173份,其中腹泻犊牛样品125份,未出现腹泻症状的犊牛样品48份,采用双抗体夹心ELISA、反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术调查感染情况并用序列分析方法分析病毒基因型,以查明该地区规模化奶牛场牛轮状病毒、冠状病毒、病毒性腹泻/粘膜病毒的感染情况,为本地区犊牛病毒性腹泻相关疾病的预防与疫苗研发提供一定的理论依据,结果如下:1.致犊牛腹泻轮状病毒病原调查ELISA方法检出病毒抗原阳性29份,除呼图壁某奶牛场未检出阳性抗原外,其余牛场均检出阳性样品,阳性率为0~30%;RT-PCR方法检出病毒阳性65份,阳性率为24%~90.91%,从石河子某一场健康犊牛中检测到牛轮状病毒抗原及核酸。核苷酸序列分析表明:新疆北疆地区致犊牛腹泻轮状病毒的基因型为I2型,各病毒株与标准株的同源性在91.4%以上。结果揭示,新疆北疆部分地区主要规模化奶牛场普遍存在牛轮状病毒的感染情况,且部分牛场感染率较高。2.致犊牛腹泻冠状病毒病原调查ELISA检测出病毒抗原阳性20份,除呼图壁和奎屯某奶牛场未检出病毒抗原外,其余五个牛场均检出阳性样品,各牛场阳性率为0~40%,健康犊牛样品中未检出牛冠状病毒;RT-PCR检测出阳性样品35份,除呼图壁某奶牛场未检出阳性样品外,其余牛场均检出阳性样品,各牛场的阳性率为0~60%,健康犊牛样品中未检出牛冠状病毒,与ELISA检测结果相一致。使用DNAMAN、DNAStar、MEGA 5.0软件对N基因与S1基因序列分析表明,新疆地区的牛冠状病毒虽与参考毒株保持了较高的同源性,但仍然存在变异,且具有地域分类的特点,同一地区间的毒株其亲缘关系较近。3.致犊牛腹泻的病毒性腹泻/粘膜病毒病原调查ELISA及RT-PCR的方法在石河子某奶牛二场、石河子某奶牛三场、博乐某牛场的阳性检出率分别为60%、32%、13.3%,100%、48%、13.3%。BVDV阳性毒株序列分析表明,此次试验克隆的12株BVDV阳性株基因型属于BVDV-1b型,与标准株Osloss的同源性最高,在97.6~98.3%。