土地增值税清算是税务部门征管上的难点。在清算过程中,经常出现税务机关与纳税人因为政策模糊、征管模式不一致等问题产生各种争议。对于土地增值税清算审核,从目前的政策来看,税务机关作为审核的主体一直存在不同程度的风险。特别是随着房地产行业的蓬勃发展,作为用来调节房地产行业的土地增值税受到了公众的不少关注。其实直到2009年后土地增值税清算管理才逐渐规范起来,现阶段土地增值税走向立法过程中,清算管理仍然在基层税务局存在各种不规范现象。本文以Z区税务局在清算中遇到的问题作为研究对象,探寻税务机关在土地增值税清算中遇到的问题,分析这些问题产生的原因,希望为税务机关未来土地增值税清算管理工作的改进提供一些新的启发。本文首先采用文献研究法,对现有文献中土地增值税税种的特点、征收管理、国内土地增值税清算的概念、研究的理论依据进行了介绍。然后具体结合Z区税务局A、B两个土地增值税清算典型案例进行案例分析,对Z区税务机关在土地增值税清算过程中,遇到的问题进行归纳总结,进而对税务机关土地增值税清算中经常遇到的问题进行了梳理,并对产生这些问题的原因进行分析,最后提出合理化建议。通过综合分析得出目前税务机关土地增值税面临的主要问题有:清算条件不明确,政策执行过于灵活、税务机关清算效率偏低、扣除项目审核难度较大、清算人才紧缺、纳税人遵从度不高。如要解决目前税务机关土地增值税清算审核的难题,需要从加快立法进程、完善税制设计、简化并规范扣除项目的设置、取消审核前置程序、调整税率、依托大数据平台综合管理、提高预征率、构建内外部涉税信息共享平台、注重人才的培养、加强对第三方中介机构的管理这几方面入手。