本文写作的主要目的是研究在军队保卫部门的刑事案件侦查实践活动中，很少出现的疑难案件侦查问题。全文按照“提出问题——分析问题——解决问题”的基本思路，对军队疑难案件的侦查问题进行了系统阐述，共分三大部分：第一部分提出问题。对军队疑案刑事案件侦查问题的概念、特征、分类以及理论研究和实践意义作出基本阐述，解决的是军队疑难案件的基本理论问题。文章以普通疑难案件侦查为逻辑起点，引出军队疑难案件的概念。重点是军队疑难刑事案件的特征和分类，特征分为六个方面：一是性质上并非独立的案件类型；二是军队疑难案件具有相对性；三是军队疑难案件形成原因较地方同类案件简单，疑难症结同样可发生于侦查的任何阶段；四是军队疑难案件同样具有侦查决策摇摆不定，陷入僵局的特点；五是军队疑难案件侦查相对军队一般案件侦查时间更长，但较地方同类案件侦破时间较短；六是军队疑难案件发生往往以军地互涉案件居多。其中前四个方面与普通疑难案件侦查的特征类似，后两个特征为军队疑难案件的较普通疑难案件的特殊之处。分类主要是从案件的形成条件、案件的性质、案件的侦查范围等三个方面着手进行分类。对于军队保卫部门疑难案件侦查的研究，是军队保卫部门刑事侦查工作中不能回避的问题，无论对于军队政治保卫工作开展还是刑事侦查工作理论研究和实践操作而言，意义都十分重要。第二部分分析问题。从主客观两方面对军队疑难案件的产生原因进行分析，主观方面的原因包括：军队保卫部门侦查人员现场勘查失误、案情分析失误、侦查方向选择失误、侦查实施失误等。客观因素包括：案件自身的条件因素、非侦查主体的人为因素、自然环境因素、军队刑事侦查体制与侦查活动本身规律的冲突因素等。创新点在于，将体制因素作为形成军队疑难案件的主要因素，提出了体制方面的差异，是造成军队疑难案件的产生的重要原因的观点，并且将体制因素纳入到军队疑难案件形成的客观因素进行考量；第三部分解决问题。从一般和特殊两个方面，寻求解决军队疑难刑事案件侦查的途径。一般方法主要围绕开展疑难案件侦查的一般手段和思路问题对军队疑难案件侦查对策进行了梳理，共分为六个方面：一是军队侦查机关和人员应当全面细致的搜集侦查情报；二是侦查人员在案情把握上要找准症结，对症下药；三是侦查人员要认真复查线索，深入调查摸底；四是侦查人员要正确分析案件情况，不断修正侦查途径、转换侦查渠道；五是侦查人员要正确利用技术手段，积极串并案件；六是保卫部门在侦查中应当充分发动群众，积极依靠政策法规。而特殊方法则主要是围绕解决现阶段军队刑事侦查工作体制掣肘，造成的疑难案件，从体制层面做相关探讨，包括四个方面：一是完善军队疑难案件侦查领导机制二是建立合理的军队疑难案件发案预防预警处理机制；三是建设多级保卫部门侦查人才储备培养体系，提高攻坚克难的能力水平；四是加强军队保卫部门与其他侦查机关的合作。