动物肠道微生物及其代谢产物短链脂肪酸（Short chain fatty acids,SCFAs）在宿主能量代谢、脂质沉积中发挥着重要的调控作用。本研究以体脂含量高、肉质好的金华猪为研究模型,利用16S r RNA基因测序技术探索金华猪在发育阶段的肠道微生物组成,并探索肠道微生物与脂肪沉积的关系,在此基础上以筛选出的不同体脂表型金华猪为模型进一步分析肠道微生物与脂肪沉积的相关性,为调节猪的脂肪沉积和改善肉质提供理论依据。研究分为三部分:研究一:本试验旨在研究金华猪小肠段菌群结构的发育性变化与脂肪代谢相关基因表达与脂肪沉积的相关性。试验分别选取45、90、150和270日龄体重相近的健康金华猪各4头,测定其体重和背膘厚;并采集回肠黏膜及其内容物,通过荧光定量PCR测定回肠黏膜中脂肪酸结合蛋白基因（Fatty acids binding protein,FABP）的表达,采用基于16S r RNA基因的高通量测序分析金华猪回肠菌群结构。结果表明:金华猪回肠优势菌门为厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）;在属水平上菌群结构呈现发育性变化,优势菌属为狭义梭菌属1（Clostridium sensu stricto 1）、乳酸菌属（L actobacillus）、土孢杆菌属（Terrisporobacter）、Romboutsia和链球菌属（Streptococc us）;Epulopiscium和Mycoplasma相对丰度与FABP1、FABP2和FABP4基因表达水平和背膘厚呈正相关。研究二:本试验旨在分析金华猪大肠段菌群结构的发育性变化与脂肪代谢相关基因表达和脂肪沉积的相关性。试验分别选取45、90、150和270日龄体重相近的健康金华猪各4头,屠宰后采集盲肠内容物提取其基因组DNA,采用高通量测序技术分析金华猪盲肠菌群结构,并采用荧光定量PCR方法对盲肠菌群的产丁酸关键功能基因进行定量分析;采用气相色谱（GC）测定其SCFAs含量。结果表明,随着日龄的增加,金华猪肠道微生物多样性显著升高;金华猪盲肠优势菌属为拟杆菌门和厚壁菌门为金华猪盲肠主要优势菌门;普雷沃菌属（Prevoella）、普雷沃氏菌属NK3B31（Prevotellaceae＿NK3B31＿group）、拟普雷沃氏菌属（Alloprevotella）、乳酸菌属、拟杆菌属（Bacteroides）为金华猪盲肠的主要优势菌属,金华猪盲肠菌群结构和产短链脂肪酸代谢呈现发育性变化,在270日龄时金华猪盲肠丁酸含量低于其他日龄阶段,菌群丁酰-Co A:乙酸-Co A转移酶相对丰度与丁酸含量呈正相关。研究三:为了进一步揭示猪肠道微生物及代谢产物对体脂沉积的影响,以不同体脂表型金华猪为研究对象,比较两种不同体脂表型猪整个肠段的菌群结构及代谢产物差异。金华猪大肠段（盲肠、结肠）的微生物多样性和丰度高于小肠段（十二指肠、空肠和盲肠）;各肠段的优势菌门均为厚壁菌和拟杆菌门,高低脂肪组金华猪的肠道微生物存在一定的差异,在高脂肪组金华猪的空肠和回肠中,厚壁菌门相对丰度高于低脂肪组金华猪,而拟杆菌门相对丰度反之;同时盲肠和结肠段普氏菌属1和厌氧菌属（Anaerovibrio）相对丰度显著高于低脂肪组金华猪,而梭菌属1的相对丰度反之。对于微生物的代谢产物短链脂肪酸而言,高脂肪组金华猪盲肠和结肠中的丙酸和丁酸含量均显著低于低脂肪组金华猪。金华猪肠道菌群结构发育性变化与脂质代谢相关基因表达和脂肪沉积呈正相关,猪肠道微生物可能通过产短链脂肪酸代谢调节脂肪沉积,这在一定程度上表明了肠道微生物及代谢产物与脂肪沉积存在一定相关性。