LAMP和纳米金辅助PCR技术用于主要病原真菌的快速检测

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近年来,随着免疫力低下人群的增加,侵袭性真菌感染的发病率逐年上升。该病起病隐匿,临床早期无特异性体征,病情进展迅速,死亡率高,已遍布临床各科室,且抗真菌药物少,副作用大,诊断困难。因此,建立快速、特异、灵敏的检测方法,对于早期诊断、及时治疗,降低患者死亡率及改善预后至关重要。目前,侵袭性真菌感染的诊断方法主要为传统培养和组织病理学方法,但存在耗时长、阳性率低、有创伤性等缺点。以核酸为基础的分子生物学诊断方法因具有快速、特异和敏感的优势,在临床早期检测中具有广阔的应用前景。本研究针对侵袭性真菌感染的主要病原菌,建立了环介导恒温扩增(loop-mediatedisothermal amplification, LAMP)和纳米金辅助半巢式PCR(semi-nested PCR,snPCR)检测方法。1. LAMP方法用于主要病原真菌的检测LAMP技术是一种简便、准确、廉价的核酸扩增方法,依赖于链置换酶(Bst酶)在恒温水浴锅条件下快速、高效的扩增核酸。该方法检测时间短、操作简单、设备要求低、结果易于观察。近十年来,LAMP技术被广泛应用于病毒、细菌及寄生虫等的诊断,但较少应用于真菌感染的诊断。本研究以ITS(internal transcribed spacer)为靶基因,分别设计了烟曲霉和假丝酵母属LAMP引物,建立了鉴定烟曲霉和假丝酵母属的LAMP方法。对反应温度、Mg2+浓度及Bst酶浓度等进行优化,确定了最佳反应体系。根据LAMP反应产生的特异性梯形条带可快速、特异的鉴定烟曲霉和假丝酵母属,其他常见病原菌未见扩增,灵敏度达pg级(烟曲霉6.0pg、假丝酵母属0.3pg),可在3h-4h内完成,高于常规PCR10倍。该方法灵敏度高、反应快速。另外,利用该方法对烟曲霉和白假丝酵母感染小鼠的血液、组织标本进行检测,检出率达70%-90%,较培养法高,可实现非培养标本的快速检测。2.纳米金辅助snPCR方法用于假丝酵母属的检测snPCR具有快速、特异、敏感等优点。本研究以GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)为靶基因,设计假丝酵母属特异性引物,建立了snPCR方法,用于鉴定假丝酵母属。但snPCR受引物、dNTP、模板DNA纯度等影响有时会出现非特异性扩增条带。本研究在snPCR体系中,加入了纳米金粒子(gold nanoparticles, AuNPs)。实验结果显示,加入4nM AuNPs(粒径13nm)后,仅有约360bp的目的条带产生,且其产量增加,表明AuNPs可消除非特异性条带扩增,增加目的条带产量。且与未加AuNPs的snPCR比较,该反应的灵敏度提高10倍,表明AuNPs可提高反应的扩增效率。利用该方法扩增临床假丝酵母属常见种,均可产生约360bp的特异性条带,其它临床常见病原菌未见扩增,检测灵敏度达30fg,并可在6h内完成。该方法可特异的鉴定假丝酵母属,灵敏度高、反应快速。另外,利用该方法检测白假丝酵母感染小鼠的血液、组织标本,检出率达80%-90%,明显高于培养法。综上所述,本研究针对烟曲霉和假丝酵母属,成功建立了LAMP和纳米金辅助snPCR方法。这两种方法可特异性的鉴定烟曲霉和假丝酵母属,灵敏度高,并均可实现非培养标本的快速检测,较培养法检出率高,检测时间短(可在3-6h内完成),为临床早期和痕量标本DNA的快速检测提供借鉴。
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