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昆虫病原线虫(Entomopathogenic nematodes,EPN)是一种携带共生菌的昆虫寄生性线虫。崇明拟异小杆线虫(Heterorhabditidoides chongmingensis)属于小杆科拟异小杆属,与嗜线虫沙雷氏茵(Serratianematodiphila)共生。前期实验发现,崇明拟异小杆线虫在自身和非自身共生菌培养下发育率,雌雄比,生殖率,致病性存在显著差异。MicroRNA(miRNA)是一类内源性、非编码的小分子RNA,在转录后水平参与抑制靶mRNA的表达。目前人们已经在不同动物中发现了许多miRNAs并对其行使的功能进行了大量的研究,涉及到生长发育、增殖分化、细胞凋亡、代谢等几乎所有的生物学过程。目前,线虫中miRNA的研究主要集中在秀丽隐杆线虫,还没有关于调控昆虫病原线虫与共生菌共生关系的miRNA的研究。本研究运用Solexa高通量测序技术对崇明拟异小杆线虫DZ0503CMFT(DZ)与其自身共生菌DZ0503SBS1T(S1)和非自身共生菌DR186(186)分别组合构建的2个小RNA文库DZ-S1和DZ-186进行测序,并对2个文库进行miRNA表达谱的差异分析。DZ-S1和DZ-186 2个文库中分别获得15744078条和1628348730条clean reads。本研究共分离到40个已知miRNA家族中的86个miRNAs家族成员,并且预测到34个新型miRNA家族。共鉴别出30个已知miRNA和8个新型miR]NA在这2个文库中有明显的差异表达,其中绝大多数表达上调。通过2种靶基因预测软件PicTar和RNAhybrid综合预测差异表达已知miRNA的靶基因并用DAVID功能注释软件对其功能进行分析。GO分析表明,这些差异表达的miRNAs可能与生长发育,生殖以及雌雄比密切相关,这与我们前期实验结果高度吻合。KEGG通路分析分析表明,预测的靶基因主要富集在MAPK信号通路、Wnt信号通路、ErBb信号通路,而这些信号通路与线虫的生长发育,阴门发育,精子形成等有着紧密的关系。综合以上分析,初步预测得到线虫中受miRNA调控的与共生相关的作用机制。选取10个差异表达的miRNAs运用荧光定量PCR的方法对高通量测序的结果进行验证,并对两种单菌线虫组合体内不同时间点(6d,12d,15d,18d,24d)的8个miRNAs表达模式进行探究。荧光定量显示,miRNA在两种单菌线虫组合DZ-S1和DZ-186中的表达模式不同,大多数miRNAs在DZ-S1体内的表达趋势比较平缓稳定,而在DZ-186体内的表达趋势随着时间的推移,变化明显。该研究第一次详细研究昆虫病原线虫的miRNAs,并且描述了拟异小杆昆虫病原线虫的新型miRNAs和共生相关的miRNAs,可以为线虫与细菌的共生提供更加有价值的依据。