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目的:探究长期规律口服阿司匹林及阿托伐他汀对人类的肠道菌群及其代谢产物短链脂肪酸（short-chain fatty acids,SCFAs）和氧化三甲胺（trimethylamine oxide,TMAO）的影响及作用机制。方法:纳入2021年1月至2022年1月既往诊断有缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）无明显后遗症规律口服阿司匹林及阿托伐他汀1年以上的人群作为服药组（A组）,选取体检中心1年内未服任何药物体检者作为对照组（B组）,收集研究对象的基线资料,采集新鲜粪便样本进行肠道菌群16S r RNA基因测序分析,使用气相色谱质谱联用法检测血浆SCFAs及使用超高效液相色谱质谱联用法检测血浆TMAO。Alpha多样性分析两组物种丰度及多样性;Beta多样性分析两组物种组成结构相似程度;物种相对丰度分布柱状图展示各水平物种相对丰度变化;Wilcoxon秩和检验分析两组在属水平上具有统计学差异的菌群;使用线性判别分析效应量（linear discriminant analysis effect size,Lef Se）寻找具有统计学差异的标志菌群。主成分分析（principal component analysis,PCA）和正交偏最小二乘法-判别分析（orthogonal projections to latent structures-discriminant analysis,OPLS-DA）各比较两组的SCFAs和TMAO是否存在差异;采用箱线图各进行组间SCFAs和TMAO统计学差异分析;ROC曲线展示SCFAs和TMAO的诊断价值。P＜0.05为差异具有统计学意义。结果:肠道菌群分析结果:A组男性14例,女性6例,年龄为（62.25±9.65）岁;B组男性12例,女性8例,年龄为（61.60±3.57）岁。Alpha多样性分析显示A组Chao1和ACE指数低于B组（P＜0.05）,A组的Shannon指数和Simpson指数均比B组升高,但无统计学差异。Beta多样性分析显示两组物种组成结构存在显著差异。物种相对丰度分布柱状图显示两组的部分物种相对丰度随着门、纲、目、科、属水平的逐渐细分出现明显差异。Wilcoxon秩和检验分析显示两组的20个物种的相对丰度在属水平存在统计学差异,A组中未分类的肠杆菌科,UBA1819,葡萄球菌,Reyranella,副杆菌属,Hungatella,脱硫弧菌属,丛毛单胞菌属,嗜胆菌属,双歧杆菌属比B组高（P＜0.05）,B组中未分类的普雷沃氏菌科,琥珀酸弧菌属,假单胞菌属,普雷沃氏菌属9,普雷沃氏菌属7,普雷沃氏菌属2,光岗菌属,巨球型菌属,乳球菌属,Alloprevotella比A组高（P＜0.05）。Lef Se分析结果显示A组存在的标志菌群有:双歧杆菌,肠杆菌科,副杆菌属;B组存在的标志菌群有:拟杆菌目,普氏菌属,毛螺菌科。SCFAs和TMAO分析结果:A组男性4例,女性4例,年龄为（59.00±9.38）岁;B组男性7例,女性6例,年龄为（61.23±3.47）岁。PCA和OPLS-DA结果显示两组的SCFAs差异显著;箱线图显示A组比B组乙酸水平升高（P＜0.05）,而丁酸及戊酸水平降低（P＜0.05）,两组间的丙酸、异丁酸、异戊酸水平无统计学差异。乙酸、丁酸、戊酸的ROC曲线下面积（area under curve,AUC）分别为0.71,0.83,0.83。PCA和OPLS-DA结果显示两组TMAO分布无明显差异;A组血浆TMAO比B组稍低,但箱线图分析无统计学差异（P=0.64）;TMAO的ROC曲线的AUC值为0.52。结论:长期规律服用阿司匹林及阿托伐他汀人群与未服药人群的肠道菌群结构及SCFAs水平存在显著差异。服药后可能通过改变特定菌群丰度进而改变特定SCFAs水平,通过调控炎症及血脂来影响IS的预防效果,同时存在正影响和负影响。长期口服阿司匹林及阿托伐他汀可使既往患有IS患者血浆TMAO维持在同龄健康人群水平。