肝细胞癌是常见的恶性肿瘤之一,在恶性肿瘤相关死亡率全球排名第二,其病因及具体的分子作用机制尚未被研究清楚,从蛋白质水平研究肝癌分子机制是当前生命科学热点和重要领域之一。基于谱图库搜索的蛋白质鉴定策略灵敏度高、速度快,近年来迅速发展,已经成为蛋白质组学研究的重要手段,发展了许多持续更新的谱图库构建与搜索工具,但其原理和特点各不相同,如何选择合适的工具进行数据分析也没有一个标准。因此,对谱图库鉴定工具进行评估,建立标准化的工作流,对于肝癌及其重大它疾病蛋白标志物的鉴定具有十分重要意义。本文首先对基于谱图库的蛋白质鉴定策略进行了全面的评估,搭建了完整的谱图库搜索鉴定流程;然后收集了五个肝癌蛋白质组学数据集构建肝癌特异性谱图库,共记录了93951个肽段离子;最后,采用谱图库搜索策略进行蛋白质鉴定,并对筛选到的差异蛋白进行了信息学分析。结果显示,与MaxQuant鉴定结果相比,谱图识别率提高了18.06%,鉴定蛋白质数量增加了51.98%。通过差异表达分析,筛选出55种在肝细胞癌和肝硬化中显著差异表达的蛋白质,在来自坦塔大学和乔治城大学的两个数据集中共同表现出显著差异的有16种,其中COMP、VWF和APOC1三种蛋白质是新发现的。本文研究结果表明我们搭建的完整的谱图库搜索鉴定流程,及根据研究目标构建的特异性谱图库可以显著提高谱图识别率和蛋白鉴定率,通过整合蛋白质组数据分析发现新的潜在肝癌标志物,为进一步研究肝癌发生发展的分子机制奠定基础,也为其它重大疾病蛋白组分析提供了一种参考方法。