“十二五”时期，湖北省农业面临着越来越好的政策环境。在农业新发展的阶段，大力加快发展农产品加工业，有助于促进湖北省农业经济发展，有利于从根本上缓解湖北省的“三农”问题。然而，湖北省农产品加工业与发达省份相比，还存在较大的差距，如龙头企业数量不多，规模小等。因此，在湖北省农业发展“十二五”规划指导下，发展湖北省农产品加工业合作创新对壮大本省农产品加工业，打造农产品加工业龙头企业，提升本省农产品加工业农产品在市场上的竞争力都具有重要意义。本文研究根据理论联系实际的原则，采用文献分析、比较研究、案例研究、走访调研、数理统计、规范分析等方法，围绕湖北省农产品加工业合作创新的运行机制与政策这一主题展开研究。首先，对湖北省农产品加工业的发展现状进行了分析，揭示了本省农产品加工业存在的问题；然后，通过对发达国家农产品加工业和外省农产品加工业发展实践成果的分析，总结其经验，给出了湖北省农产品加工业合作创新的启示；接着，对合作创新的概念及其类型模式进行了阐述，在此基础上，对合作创新的内涵进行分析探讨，对农产品加工业合作创新的影响因素进行了研究，进而对湖北省农产品加工业合作创新的类型（模式）作出归纳；紧接着，从企业的角度出发，构建了湖北省农产品加工企业间合作创新的运行机制和农产品加工业产学研合作创新的运行机制，并对这些机制（如动力机制、激励机制、信任机制、约束机制、风险机制）进行了分析，指出在合作创新过程中，这些机制在所处的合作创新类型（模式）中是相互联系、相互影响的，只有当这些机制间协调一致时，农产品加工业合作创新的效率才能达到最高，合作创新的最终目标才能实现；最后，在前面研究的基础上，有针对性地提出了湖北省农产品加工业合作创新的对策建议以及政府应采取的政策。