本文首先阐述了本课题的选题依据、研究内容、目的和研究线路，介绍了目前科研事业单位财务管理的现状和问题，以及财务管理中权责发生制和收付实现制的基础理论，并对两种会计制度进行了比较和分析，指出实施混合方式会计核算方法(也可简称为混合式会计核算方法)是在不违反财政部现行的科研单位会计制度的基础上，解决现行科研事业单位财务管理的问题的方法。本文通过对西方“新公共管理”理论的研究，对西方各国政府及公共事业单位会计基础改革经验的研究，对我国科研单位财务管理现状的研究，尝试提出了混合方式会计核算方法，即是在现行的收付实现制的基础上，吸收权责发生制的核算方法，进行以下调整：增加科研事业单位债权的核算；增加科研事业单位债务预算收支的核算；揭示科研事业单位的隐形负债，有重点的提供或有负债的信息；将预算外资金核算纳入科研事业单位会计核算；对各类资金要分别核算其收入、支出、结余和累计结余；基本建设业务核算应纳入科研事业单位会计；科研事业单位的固定资产计提折旧；适应国库集中收付需要，科研事业单位应调整财政拨款和经费支出的核算；本文借鉴信息技术在企业的成功应用，尝试提出了以信息系统的技术为支撑，实施混合方式会计核算方法，在不违反财政部现行会计制度基础上，实施科研单位绩效导向的财务管理改革，形成自我约束的财务管理机制。最后，本文通过以中国科学院作为案例，对其之前的财务管理方面的问题进行了剖析，通过中国科学院财务管理信息系统的实施，在满足财政部现行会计制度的基础上，对收付实现制的会计核算做出一些修正，在一定程度上实施了本文尝试提出的混合方式会计核算方法，满足了中国科学院财务管理的需求，对科研机构的绩效评估以及资源的有效利用起到一定作用，对科研事业单位的会计制度改革做了积极的探索和尝试。