【摘 要】
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目的通过生物信息学研究方法找出在骨肉瘤中的重要基因NCAPG和KIF11,且探讨其与骨肉瘤的浸润、转移以及预后中的关系,并研究其在骨肉瘤中的表达水平,分析其与病人临床病理特征的相关性,从而将NCAPG和KIF11这两个关键蛋白共同作为研究对象,为找出抑制骨肉瘤发生发展的重要调控靶点并提供实验依据。方法1.研究建立在生物信息学分析及大数据处理的基础上,通过在GEO数据库下载两个数据集GSE12865
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目的通过生物信息学研究方法找出在骨肉瘤中的重要基因NCAPG和KIF11,且探讨其与骨肉瘤的浸润、转移以及预后中的关系,并研究其在骨肉瘤中的表达水平,分析其与病人临床病理特征的相关性,从而将NCAPG和KIF11这两个关键蛋白共同作为研究对象,为找出抑制骨肉瘤发生发展的重要调控靶点并提供实验依据。方法1.研究建立在生物信息学分析及大数据处理的基础上,通过在GEO数据库下载两个数据集GSE12865和GSE14359,并筛选共表达基因,然后通过GO和KEGG富集分析,并富集于多种生物学功能和癌症信号通路,随后构建骨肉瘤风险模型,利用风险模型对骨肉瘤患者进行风险评估,利用PPI蛋白网络分析发现核心基因;利用TCGA数据库筛选骨肉瘤具有差异表达和生存的关键基因,GDSC抗癌药物敏感性基因组学数据库分析找出关键基因,并利用TIMER数据库评估免疫浸润的水平,此外PDB数据库分析核心基因辅助筛选。2.选定关键基因后,通过33例骨肉瘤免疫组化检测NCAPG和KIF11在骨肉瘤组织样本中的差异性表达,验证生物信息学分析结果并分析其相关性;3.结合NCAPG和KIF11在骨肉瘤组织样本中的表达水平,分析其与临床病理特征的相关性。结果1.GEO中下载两个数据集GSE12865和GSE14359,经过分析进而筛选出差异表达基因,一共有205个,低表达的有120个,其余的均为过表达（P﹤0.05）;在功能和信号通路上进行富集,从而构建骨肉瘤风险模型,利用风险模型对骨肉瘤患者进行风险评估,随后通过PPI蛋白网络分析发现核心蛋白网络,利用TCGA数据库筛选骨肉瘤具有差异表达和生存的关键基因,GDSC药物敏感性数据库分析核心基因,并筛选出关键基因NCAPG、KIF11;2.选定关键基因NCAPG、KIF11后,通过33例骨肉瘤免疫组织化学检测发现NCAPG、KIF11蛋白定位于细胞浆,均在骨肉瘤中高表达;3.在TCGA数据库中,NCAPG、KIF11的表达水平与骨肉瘤病人的生存率呈现负相关,结合骨肉瘤中的NCAPG、KIF11蛋白与临床病理特征相关性分析,相比于癌旁组织,NCAPG和KIF11在骨肉瘤组织中具有明显的差异过表达（P＜0.0001）结论1.基于生物信息学分析发现NCAPG和KIF11在骨肉瘤中差异表达明显,并且与生存预后呈负相关;2.通过骨肉瘤免疫组化进一步验证NCAPG和KIF11蛋白定位于细胞浆,且在骨肉瘤组织样本中明显高表达。
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