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利用公共数据库资源，在刺参EST数据库中查找包含微卫星的序列，开发了13个SNP分子标记，最小基因频率从0.103到0.487，期望和观测杂合度值范围分别为0.154到0.769和0.187到0.506。13个位点中只有1个位点由于纯合子过剩而显著偏离哈迪-温伯格平衡，没有发现位点间连锁不平衡。这是第一次在刺参中开发SNP标记，为刺参图谱的构建丰富了标记种类，增加了标记的数量。用23对AFLP标记，利用野生刺参为父本，日本红刺参为母本杂交产生的F1代33个个体分别构建了雌雄遗传连锁图谱。除去偏分离标记，利用其它有效标记分别构建了刺参的雌性和雄性连锁图谱。雌性框架图谱有106个标记定位在17个连锁群上，覆盖基因组的长度为623cM；雄性框架图谱有104个标记定位于20个连锁群上，覆盖基因组568cM。刺参雌、雄图谱的覆盖率分别为70.67%和66.47%。该图谱的建立为进一步开展刺参QTL分析以及分子标记辅助育种奠定的基础。采用复合区间作图法在刺参的连锁群上定位了21个与生长相关性状（体长、体宽、体重、体壁重和出肉率）的QTL(LOD>2.0)，可解释的表型变异从11.17%到32.68%。在刺参雌性和雄性图谱上，7个和体长相关的QTL位点分别分布在7个不同的连锁群上，可以认为，刺参的体长这一性状由多基因来控制的，与体长相关的QTL中有一个是和刺参的体宽相关的QTL位点连锁（Dk173），它们之间的遗传距离为4.0cM。体重和体壁重的QTL位点完全相同，共检测到3个与之相关的QTL，分别定位到雌性的第LG13连锁群上和雄性图谱的第LG3、LG4连锁群上。与出肉率相关的4个QTL被定位在4个连锁群（雌性LG3、LG7、LG10和雄性LG10）上，其可变解释率从15.42%到26.90%。