世界上多数国家主要由法院对专利权人提供公力救济，而我国对专利权采用的是“双轨制”保护模式，即行政执法与司法平行的方式。我国专利保护制度与国外最大的不同在于专利管理机关直接执法，即专利行政机关可以依法采取监督检查、行政处罚等措施。“双轨制”是否保留，以及专利制度如何改革等问题是公众争论的焦点。本文介绍了我国专利行政保护的基本情况，通过横向比较国外相关制度的优缺点，从多个角度论证专利权行政保护存在的必要性。经过三十年的发展，我国专利保护的重点已由法律的制定转向如何更好地执行法律，当前，如何有效地保护权利人的利益才不受非法侵犯才是专利制度的核心。然而在专利行政执法体制还不够完善的情况下，需要行政干预的侵权案件越多，行政执法出现的问题也就越多。本文在比较研究的前提下，提出了一些改革的建议。为了论证以上观点，本文分五个部分进行论述：一、引言。介绍了本文的研究目的及意义，以及国内外关于专利行政保护制度的研究现状。二、专利权行政保护概述。为了让阅读此文的人对专利权相关知识有所有了解，本文从专利权行政保护的概念、特征等简单的知识点谈起，再到对专利权行政保护制度存在的必要性和发展历程进行介绍，尽量使没有相关背景知识的读者也能深入浅出地学习。相对于司法保护，行政保护具有的特有的优势，回答了专利行政保护不但不应减弱，反而应该加强的争论。是否保留专利行政保护制度，不单是学术争论这么简单，它关系到社会稳定的大局，不仅是理论问题，需要联系现实进行全局考量。以维护社会稳定和不降低现有专利保护水平为前提。无论最终结果怎样，在短时期内，行政保护模式不会消失，取消行政保护必然会打破与司法保护的平衡状态，引起新的不确定性变化，也不符合当前的实际情况。三、专利权行政保护比较研究。通过对发达国家和地区的专利权行政保护制度的分析与比较，深度发掘国外的先进经验，在结合我国国情的基础上，借鉴和研究。通过分析发现，对专利权进行行政保护在国际上是比较普遍的作法。世界上许多国家对专利权使用司法保护方式之外，还赋予行政机关专利执法的重任。因此,我国专利权行政保护具有中国特色,但并非我国独有的制度。四、我国专利权行政保护的现状。行政执法具有中国特色，各部门为权利人提供不同的保护方式，这种多头管理体制优势明显，但也存在不小弊端。首先，缺少一个统一、权威的管理主体。知识产权管理机构过于分散，数量太多。难以从整体上统一有效的指导。这必然导致工作效率低下，各部门各自为政，使得整体效能下降。此外，当事人遇到问题时，面对这么多有管辖权的部门和各不相同的救济方式，往往不知如何选择，造成了不必要的困扰。其次，部门间缺乏衔接机制。从横向看，各机关相互独立，互不隶属。对于跨部门的专利案件，各机关在信息共享，协作执法方面缺乏有效衔接。对我国专利权行政保护的框架梳理的基础上，分别阐述专利行政机关和海关的分工与责任。第二部分列举了我国专利行政保护体制上、措施上还有和司法保护衔接上的缺陷。为最后一章解决建议的提出埋下伏笔。五、完善我国专利权行政保护制度的建议。本章提出对三种专利分别保护、专利权跨部门跨地区协作、建立专门法院等问题的具体建议，期望对完善我国专利行政保护起到作用。通过分析，专利行政执法在现阶段仍有存在的积极意义，不能笼统地讨论其“去与留”，如何进一步调整、优化、完善这一制度才是当前首要的问题。