本世纪是生命科学发展的一个关键时期，生物信息学是21世纪自然科学的核心领域之一。它的研究内容是非常丰富的，目前在某些方面的研究已经取得了重要进展，但是至今还有许多没有得到解决的问题。 本文主要涉及生物序列的图形表示以及系统发生分析。生物序列的图形表示是生物信息学的一个重要课题。图形表示的方法是多种多样的，本文只介绍了几种比较典型的生物序列的二维、三维图形表示。系统发生分析的传统用途是揭示物种之间的进化关系，新用途是分析基因家族以及追溯特定基因的进化历史，也可以对了解基因组进化做出贡献。本文介绍了系统发生分析的有关知识，并提出了构造进化树的一种新方法。 本文的主要内容包括以下几个方面：在第一章，介绍了生物信息学的基础知识。本文后面要用到的术语大多数在这里都有简单的论述。 在第二章，介绍了几种比较典型的生物序列二维、三维图形表示，并对于图形做出了一些优点和缺点的评述。 在第三章，介绍了系统发生树的有关知识，并且利用20个物种的线粒体的全基因组序列，提出了一个构造进化树的新方法，并对其进行了比较说明。 在第四章，论文的总结。