农民专业合作社是近年来兴起的一种新型农业生产组织。农民专业合作社可以将单个农民联合起来,发挥出组织优势,从而实现规模生产、获得技术、增加融资、降低风险和提高农产品质量。农民专业合作社对于农民增收、农业增效及解决“三农问题”等方面有着重要的作用与意义。河南作为农业大省,在政府的积极推动下农民合作社快速发展。合作社数量增多的同时,合作社内部的运行机制存在着诸多问题,发展质量与规范化水平依然较低。基于此,本文阐述了河南省农民合作社的发展现状,分析了其运行机制现状及存在的问题,指出了政府行为的问题所在,并通过构建相关博弈模型,着重探究了合作社内部的激励机制、决策机制与监督机制。在借鉴国内外发展农民合作社的经验的基础上,提出了若干完善河南省农民合作社运行机制的建议。首先,明确研究对象,介绍先进国家与地区的发展经验。界定了农民专业合作社的概念,并将它与相关概念进行辨析,对合作社运行机制予以描述。通过对国内外发展农民合作社的经验的介绍,得到了四点启示：政府应不断完善相关法律法规、加大政策支持力度、健全组织领导机构、完善服务。其次,分析河南省农民合作社运行机制的现状及问题,并对政府行为予以分析。从若干维度介绍了河南省农民合作社的发展现状,全面剖析了河南省农民合作社的运行机制,阐述了政府行为存在的五点问题。再次,基于博弈论,对合作社的激励机制、决策机制与监督机制进行博弈分析。设计了一个同质性合作社中给予理事长物质激励的“有效工资率”,找到了它的构成因素及因素间的相互关系。决策机制的博弈模型分析表明,降低社员参与决策的成本,增加社员讨回的利益,可以促使博弈的结果朝着“理事长不谋私,社员参与决策”的方向转变。监督机制的博弈模型对合作社的监督机制运行现状做出了阐释。最后,从政府与合作社两方面入手去完善河南省农民合作社的运行机制,提出政府采取激励支持与监督规范并重的发展政策,合作社自身重视制度建设、健全运行机制的建议。