有限责任公司因股东人数少，受到法律规制相对较少，受到广大投资者的青睐，成为市场经济重要组成部分。有限责任公司章程与股东利益密切相关，对于章程规定的效力，学术界意见尚未统一，在实践中也引发了众多纠纷。虽然我国2005年《公司法》进行了修改，对于股权转让由法定限制向章程自治转变，但仍存在许多争议。本文以2014年《公司法》第七十一条第四款为基础，结合我国章程自治相关理论和司法实践，具体分析目前存在的突出问题，并借鉴其他国家发展经验，运用比较分析法和实证分析法，对我国实践中具有代表性的几种章程限制股权转让的做法提出一些建议。本文首先分析了有限责任公司股权转让在司法实践中的问题，包括章程自治性与股权自由转让之间的冲突、资本多数决下中小股东利益保护问题以及违反章程处分股权的效力认定。受客观情况的变化和司法人员解决方法不同的影响，在司法实践中相同或类似的案例可能会有不同的判决，这不仅损害股东的合法权益，也不利于司法公正的实现。虽然司法实践中存在一些问题，但法律依然肯定公司章程在股权转让限制方面的地位，这一正当性也是存在一定理论基础的：首先，有限责任公司非常注重股东之间的合作关系和信赖关系，这种密切的人身关系是有限责任公司成立的前提，也是股东之间协商经营的关键，人合性占据着重要地位，是有限责任公司存续的根基，也是奠定其他特征的法理基石；其次，公司章程具有自治性，国家尊重股东充分考量自身经营管理状况和不同主体价值追求，不断完善内部管理制度及公司治理结构，进而提高综合实力，也有利于公司商业秘密的保护；再次，体现了补充性规范与公司章程自由的契合性，在章程不违反法律的强制性规定和基本原则的前提下，股东可以协商确定股权转让事项，司法不能断然认定为无效；另外，也是平衡各方主体利益的需要。合理转让股权的规定即是为避免事后产生纠纷而做出的预防性规定，防止当事人肆意转让股权而给公司或利益相关人带来损害。在肯定公司章程做出规定的基础上，具体分析不同章程规定的效力。运用判例分析法，对我国司法实践中的典型案例进行分析，包括禁止股权转让、强制股权转让、修改章程变更限制、违反章程的股权转让的效力认定，结合相关学者的观点及法院的判决，吸收外国先进经验，在尊重公司意思自治的前提下，也考虑股权的特性及公司整体利益，结合个案具体分析。在文章最后，结合前文的分析研究，对有限责任公司章程限制股权转让提出了完善建议。在尊重公司章程自治的基础之上，国家加以适当的干预，但二者之间并不矛盾，相反，一定的管制可以防止自治超越边界，更有利于自治的实现。公司法的作用不在于禁止，而是保障章程意思自治，是章程自治实现的手段。具体而言，包括构建章程自治边界、确立审查基准、保护中小股东利益等方面做出制度构想。