结球甘蓝（Brassica oleracea var.capitata）,是世界上重要的十字花科蔬菜作物之一。根肿病是一种侵染所有十字花科作物的土传病害,严重影响结球甘蓝的产量和品质。培育抗根肿病结球甘蓝品种是从根源上防控根肿病的有效手段。尽管通过回交转育的方式可以将位于其他育种材料中的抗性基因/位点转移到待改良的自交系中,但是结球甘蓝是典型的绿体春化植物,其抽薹开花有着严格的条件,加代繁殖难度大,自交系的选育周期漫长。因此,在回交转育过程中,结合受体自交系的背景选择,从回交早期世代群体中精确筛选具有最多受体遗传背景的个体,减少供体材料遗传背景,将有利于在较短的世代内将抗性基因导入受体自交系,实现抗性基因导入的同时,最大限度提高受体自交系的遗传背景,从而有效提高育种效率。本研究以性状优良但对根肿病敏感的甘蓝自交系F416为受体亲本,以高抗根肿病材料9LQ18-5为供体亲本,经过3～4次回交,利用分子标记前景选择结合抗病接种鉴定实现目标性状的定向选择,同时借助分子标记背景选择鉴定抗病个体后代与受体自交系F416的遗传相似性,以期获得具有与F416的遗传背景高度相似又对根肿病高抗的回交改良材料。研究结果如下:1.使用根肿病抗性连锁的分子标记CCR1和CCR2对BC3F1代55个单株进行抗性位点检测,筛选到18个具有根肿病抗性CCR双标记的单株。利用SSR标记对这18个单株进行背景选择,基于SSR标记的背景选择筛选出与F416的遗传相似度高的单株5株,与F416的遗传相似度低的单株3株。对以上8株进行扦插扩繁后做表型鉴定,与F416遗传相似度高的5株中,3个株系表现与F416一致的“平型”叶端,2个株系表现与F416一样的“卵椭圆”叶片形状,5个株系的平均株高、开展度和叶片长度显著不同于F416。与F416的遗传相似度低的3个株系中,有2个株系表现与F416一致的“平型”的叶端形状,并且它们的平均株高、开展度和叶片宽度与F416相似。这说明了利用SSR分子标记进行背景选择结果与基于表型筛选结果之间存在较大差异。因此,亟待开发新的背景选择标记。2.将这8个BC3F1株系,与轮回亲本（F416）、非轮回亲本（9LQ18-5）和抗根肿病对照品种（先甘336）一同进行重测序。与亲本和对照相比,在SNPs和Indel变异程度上,21-9、21-1、21-2与轮回亲本（F416）的相似度高,其中21-9与F416最相似。另外,将8个抗根肿病的BC3F1株系与F416、9LQ18-5和先甘336的测序深度进行比较,结果发现,在大小约为47 kb的根肿病候选QTL区域（42986635-43033590）,所有抗根肿病材料都检测不到对应的reads,推断该区域为潜在的抗病功能区段或者连锁区段。3.将这8个BC3F1株系与F416回交获得了BC4F1,利用根肿病前景选择标记,从72个BC4F1株系中筛选出含有CCR双标记的株系36个。基于全基因组重测序获得的Indel突变位点,设计并筛选出49对Indel特异引物,用于36个BC4F1株系的背景选择。结果发现,21-9株系平均遗传相似性和农艺性状与F416最接近,平均回交恢复率高达85.25%,其中,21-9-16（90%）和21-9-19（90%）的回交恢复率接近四次回交背景恢复率理论期望值（93.8%）。根肿病抗性鉴定发现21-9群体抗根肿病,是后续回交育种中十分重要的材料。综上所述,本研究通过全基因组重测序开发并筛选出的标记,可有效用于骨干亲本F416回交后代群体的背景选择,该研究成果对于今后利用结球甘蓝骨干亲本F416开展其他重要农艺性状转育回交后代群体的高效选择具有重要的应用价值。