关于有序性状位点基因定位的再研究

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近年来,随着统计遗传学的迅猛发展,人们对寻找合适的定位多个QTL的统计方法的关注度越来越高.多区间定位(MIM)法是一种可以同时定位多个QTL与估计上位性的方法,但是这种方法通常都是针对连续分布的性状进行研究与应用的.有序性状的数据承载的信息相对较少,因此定位有序性状的QTL更为复杂.由于这种特殊性,选择合适的统计学方法把性状分布考虑在内对于定位QTL,尤其是多个QTL十分重要.  本文中,我们在关于有序性状基因定位的研究中考虑多区间定位法,假设存在一个叫易患性的潜在响应变量,通过阈值模型将它和有序数据联系起来,再通过遗传和统计模型把易患性和QTL基因型联系起来,最终建立起一个表达有序数据和QTL基因型之间关系的累积logistic回归模型.然而,对于这种QTL的区间定位问题,大多利用的都是全基因组扫描的方法.为使区间定位更加简单直接,我们将重组率看作未知参数,通过EM算法同时获得QTL位置参数、阈值模型参数及QTL效应参数的估计值.本文根据干扰系数的不同情况分别进行了模拟试验.此外,还选取了一个实例,对模型的合理性进行了假设检验,并应用本文算法对模型参数及QTL位置进行了同步估计.模拟及实例结果均表现出了本文方法的合理性及有效性.
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