不同品系鸡Tmem9A/9B基因的克隆与表达分析

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TMEM9(Transmembrane protein9domain family)作为一个跨膜蛋白家族,在从线虫到人类等不同物种间高度保守。目前,该家族已发现TMEM9A和TMEM9B两个成员。人TMEM9A蛋白定位于溶酶体和次级内体上,TMEM9B是一种重要糖蛋白,定位于溶酶体膜和初级内体膜上。目前,关于这两个基因的表达和功能特性研究报道较少。本研究以鸡为实验动物,克隆Tmem9A和Tmem9B基因并对其表达与功能特性进行初探,主要研究方法和实验结果如下:  首先,本研究克隆了海兰褐鸡、AA+肉鸡和三黄鸡Tmem9A基因与AA+肉鸡和三黄鸡Tmem9B基因的全长编码序列并进行生物信息学分析。结果表明:海兰褐鸡、AA+肉鸡和三黄鸡Tmem9A基因编码序列全长均为576bp,Tmem9B基因全长均为570bp,不同品系鸡的这两个基因编码序列均存在SNP位点,但Tmem9A和Tmem9B基因均高度保守。通过对Tmem9A和Tmem9B的核苷酸序列和氨基酸序列比较分析,二者同源性分别为60%与50%左右,表明Tmem9A和Tmem9B之间的同源性不高。蛋白结构预测分析发现TMEM9A的50~190AA和TMEM9B的45~188AA位置均存在Tmemb_9超家族结构域;TMEM9B的N-端4~23AA存在一个跨膜结构域,而TMEM9A无此跨膜区;TMEM9A和TMEM9B蛋白均存在N端信号肽、cys富集区和N-糖基化位点;3D结构预测表明TMEM9A和TMEM9B蛋白均存在螺旋区。  其次,对Tmem9A和Tmem9B基因进行了组织表达谱分析,结果显示Tmem9A和Tmem9B基因在14日龄AA+鸡、三黄鸡和海兰褐鸡雏鸡的多种组织中均有表达,但是不同品系雏鸡间略有差异。有趣的是,Tmem9A和Tmem9B基因在三个品系雏鸡的脑组织中均具有高转录活性。在不同发育阶段海兰褐鸡的组织表达谱分析显示,Tmem9A和Tmem9B表达活性均在24月龄成鸡腺胃中显著上调。  最后,对炎症模型和疫苗免疫模型雏鸡Tmem9A和Tmem9B基因进行组织表达谱分析,结果显示在LPS制备的炎症模型雏鸡中,Tmem9A基因的表达活性在海兰褐鸡法氏囊中上调而在肝脏、脾和胸腺中下调;在AA+肉鸡的胸腺中下调,在肝脏、脾和法氏囊中上调。Tmem9B基因在两个品系鸡4种组织(肝脏、脾、法氏囊和胸腺)中的转录活性均上调。在疫苗免疫的海兰褐鸡中,Tmem9A基因的表达活性在新城疫疫苗免疫模型4个免疫相关组织(肝脏、脾、法氏囊和胸腺)中均上调;在禽流感疫苗免疫模型的肝脏和脾中上调,在法氏囊和胸腺中下调。Tmem9B基因的表达活性在两个疫苗免疫模型的四个免疫相关组织中均上调。  通过研究Tmem9A和Tmem9B基因的序列、表达与功能特性,初步表明二者可能是在鸡生长发育、炎症和免疫反应等生物学过程中具有重要作用的多功能基因,本研究为深入研究Tmem9家族基因的功能特性奠定基础。
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