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中国帕米尔高原约有种子植物59科303属963种（包括变种）．该区种子植物区系的地理成分较为复杂，联系广泛．温带性质的属有254属，占总属数的83．8％，热带性质的属有13属，占总属数的4．3％；温带性质的种有723种，占总种数的75．1％，热带性质的种有17种，占总种数的1．8％．该地区植物区系具有明显的温带性质，同时受到热带植物区系的影响．另外在区系科属分级水平上，寡属科、单属科占绝对优势，而超过20属的大科在该区仅有3科，却占总属数、总种数的35．9％和38．6％，区系优势现象十分明显；单种或少种属