为全面揭示大头菜发酵过程中真菌群落结构及其动态变化，采用Illumina Miseq高通量测序技术对不同发酵时期工厂生产的大头菜发酵液进行真菌多样性研究。经OTU分析，24份样品中共发现4个门，19个纲，56个目，106个科，190个属，303个种，516个OTU。通过聚类分析和主成分分析发现，24个样品可根据真菌群落结构特征划分为3个聚类，将发酵的整个过程分为发酵前期、中期和后期，三个发酵阶段共有OTU数为124个。去除未分类的真菌后，所有样品中的优势菌门均为子囊菌门，相对丰度达到74.2%～99.8%，其次为担子菌门。目水平上，发酵前期炭角菌目为优势菌目，相对丰度为45.7%～60.2%，后续发酵过程中，酵母目取代炭角菌目，占据了绝对优势，相对丰度达到了63.6%～99.5%。属水平上，发酵前期明梭孢属（Monographella）为优势菌属，发酵中期和后期德巴利氏酵母属（Debaryomyces）和接合酵母属（Zygosaccharomyces）为优势菌属。