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骨耜的真正用途是认定河姆渡文化稻作农业发展阶段的关键,考古发掘新证据说明骨耜用来深掘灰坑和柱洞,它与干栏式建筑密不可分。生物学分析表明栽培稻是野生稻的一个亚种,栽培稻内的籼稻和粳稻之分不是亚种间的差别,而是气候生态型的差异;出现籼、粳和普通野稻组合是原始栽培稻的体现。前人夸大了河姆渡文化的稻谷数量,缺乏收割和加工谷物工具也是稻谷作为食物所占比例较小的反映。稻作不是河姆渡文化主要经济形态,定居的前提不一定以农业为主。这些观点动摇了河姆渡文化“耜耕农业”发展阶段说。