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建设自贸试验区是我国新时代改革创新的重要举措,为发挥科技创新优势营造了良好的制度环境。目前,我国区域经济发展不平衡现象依然存在,如何依托自贸区特殊制度环境,发挥科技创新支撑作用,是促使区域协同发展的关键。基于川、渝自贸区特殊的制度优势,研究科技创新支撑长江上游地区与川渝自贸区协同发展,探索自贸区与长江上游地区协同发展科技创新支撑效应和运行模式,最后提出对策建议。