打分函数相关论文
核糖核酸（RNA）是一种重要的具有多功能的生物大分子。除了众所周知的可以编码蛋白质的功能外,真核细胞中大约有97%的RNA是不编码蛋白......
蛋白质的三维结构对于研究它的功能及其相关的药物设计至关重要,多年来,科学家们提出了各种各样基于氨基酸序列的蛋白质三维结构预......
近年来，随着互联网技术发展，同构对称发布/订阅系统的应用也越来越普及。由于在同构对称发布/订阅系统中，产生的候选环匹配结果集很大......
归并比较评测方法是一种有效的比较两个搜索引擎结果质量优劣的评测方法。本文对在这类方法中考虑用户收益的方式进行了深入的研究......
TAL效应物(Transcription activator-like effectors)是黄单胞菌属植物病原菌分泌的一种特殊的三型效应物,在病原菌与寄主相互作用......
蛋白质折叠识别和远同源性检测问题是生物信息学领域的两个基础问题,解决问题的主要思想是根据蛋白质序列信息的相似度推断其结构......
核糖核酸(RNA)是生物体内重要的基本物质。在编码、解码、调节和表达基因中起重要的作用。RNA的功能主要取决于其三维空间结构,而......
RNA对生命体的遗传具有重要作用,RNA二级结构是理解RNA功能的初级钥匙。由于缺乏对RNA相对完整的了解,对RNA二级结构打分是生物信......
分子对接方法作为当今最为常用的基于结构的药物设计手段之一,其不仅能给出配体在靶标结合口袋内的正确结合模式,还可以预测两者的......
在人体特异性免疫应答过程中,多肽与人类白细胞抗原(Human Leukocyte Antigen,HLA)的相互作用扮演了极为重要的角色。目前,多肽与H......
蛋白-蛋白相互作用(PPIs)在各种生命活动中起着关键的作用。破解PPIs中结构相关的信息，可以帮助我们从原子水平揭示蛋白质的功能，了......
继人类基因组计划在本世纪初落下帷幕以后，生命科学研究已跨入了后基因组时代，揭示蛋白质结构功能关系和相互作用规律成为新时期的科......
报道了一种蛋白-蛋白相互作用表面位点的嫁接方法. 首先确定被嫁接的配体表面结合区的重要残基, 在骨架蛋白中搜索适合于嫁接这些......
目的:探讨不同打分函数(Surflex_score, D_score, G_score, PMF_score, ChemScore)对计算机虚拟筛选乙酰胆碱酯酶(AchE)抑制剂的影......
针对虚拟筛选过程中对接打分函数适应度低及已有数据集不平衡特点,本文提出了基于多目标粒子群优化的对接函数综合评价方法,以求解......
提出了基于能量的氨基酸网络加权方式。基于该加权氨基酸网络模型，构建了新的对接打分函数。采用该打分函数对20个体系的非结合态对......
从蛋白质的一级序列出发,用矩阵打分的方法对3088个蛋白质中的β发夹和非β发夹模体进行了识别.使用10-交叉检验,预测总精度为75.9......
0引言随着肿瘤免疫学的快速发展,大量研究证明,机体在抗肿瘤的过程中,毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)发挥着重要的作......
RNA二级结构的打分函数在RNA二级结构预测中扮演着越来越重要的角色。目前对RNA二级结构的打分函数并没有很好地抓住RNA的折叠机制......
目的：将ROC曲线分析应用在计算机虚拟药物筛选研究领域中.方法：利用分子对接软件以乙酰胆碱酯酶的三维晶体结构为靶,虚拟筛选40个抑......
计算预测出TAL效应物的候选靶标有助于高效地确定TAL效应物的靶基因，进而阐明TAL效应物的生物学功能，但是目前在TAL效应物靶标计算预......
细胞内的很多重要生理过程，如细胞信号转导、免疫反应、基因复制、转录、翻译以及细胞周期调控等，都是通过蛋白质复合体或蛋白质分子......
蛋白质-蛋白质相互作用与识别的研究是分子生物学领域的重要课题。由于实验测定蛋白质复合物结构比较困难,因此,通过计算机模拟预......
分析了包含静电能 (Δ Eele)、去水化自由能 (Δ GACE)以及范德华能 (Δ Evdw)的打分函数在蛋白质蛋白质对接中评价近天然构象的能......
近年来，用计算机来模拟生物分子的相互作用与识别已经受到了相当大的关注。在众多的模拟方法中，分子对接已成为其中非常重要而又受到......
蛋白质折叠研究是分子生物学、细胞生物学以及药物设计领域的重要课题。折叠分类是蛋白质折叠研究的基础。随着PDB数据库中蛋白质......
给出了变量之间k阶分类能力的概念及计算方法，并证明了k阶分类能力就是k阶分类正确率，以及k阶分类能力和条件独立性的等价性，在此基础......
基因调控网络的重构是系统生物学一个热门研究领域，其中条件互信息是一种很实用的方法。文中提出一种基于条件互信息和爬山搜索策略......
蛋白质折叠类型分类是蛋白质分类研究的重要内容。以SCOP数据库中的PHdomain—likebarrel折叠类型为研究对象，选择序列相似度小于25......
分子对接是研究分子间相互作用与识别的有效方法.其中,用于近天然构象挑选的打分函数的合理设计对于对接中复合物结构的成功预测至......
极少小分子药物在与其靶点蛋白相互作用中具有足够的专一选择性。药物与非预期的非靶点蛋白结合常常导致副作用,但偶尔也引发一些......
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一般的蛋白质对接程序能够提供大量的待选构象，但其中仅含有少量的正确构象。现在对接的主要工作在于如何从这些大量构象中挑出正确......
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结构域是蛋白质的一个结构层次,可以看作蛋白质结构,折叠,功能,进化和设计的基本单位。大多数的蛋白质都可分为若干个结构域,结构......
为了探究蛋白质复合物的结构与相互作用,建立了蛋白质的分子对接方法,从2014年起参加蛋白质复合物结构预测竞赛的预测和打分竞赛.......
随着人类基因组测序计划的完成,生命科学的重心开始转移到对基因的表达产物蛋白质的研究上来,蛋白质组学已成为后基因组时代的研究......
随着计算机技术和药学的发展,计算机辅助药物设计方法逐渐成为药物研发的重要手段。其中,分子对接方法已发展为研究分子间相互作用......
随着学术界与企业界将变构药物视为下一代药物设计的研究方向,有关变构位点、变构共晶的报道也越来越多。如何利用好这些实验数据,......
蛋白质-小分子结合位点预测是一个重要的科学问题,它对很多研究都有非常重要的指导意义,包括基于结构的药物设计、蛋白质的功能注......
学位
作为一种可靠的药物设计方法,分子对接方法现已被广泛应用于药物研发领域。高效的构象搜索方法与精确的打分函数是评价分子对接方......
药物分子设计是新药研发的关键阶段,已成为国内外研究热点之一。随着计算机科学技术及生物信息学的蓬勃发展,理性的药物分子设计方......
药物-靶标结合亲和力(Binding Affinity)可以用热力学参数(如结合常数KA、解离常数KD或结合自由能AGbinding)表示,是表征药物与靶......
随着新药研发成本不断上升,制药工业面临着巨大的挑战,迫切需要找到一种有效的方案优化药物研发过程。随着计算机科学的迅猛发展,......
如今越来越多生物大分子的三维结构得到了精确测定。随着计算机技术的发展，在现代基于结构的药物设计中，计算机辅助药物设计的方法已......
虚拟筛选是创新药物研究的新方法和新技术，近年来引起了研究机构和制药公司的高度重视，并且己经成为一种与高通量筛选互补的实用化工......
