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目的：应用结肠镜下活检组织对结直肠癌组织及配对癌旁组织进行非标记定量蛋白质组学分析，筛选及鉴定两组样本之间的差异表达蛋白，为结直肠癌发病机制和肿瘤标志物的发现提供有益线索。方法：1.收集上海交通大学附属第六人民医院结肠镜下表现为结直肠癌患者的癌组织及配对癌旁组织（距癌组织远端至少5cm）活检样本各6例，经病理诊断均为结直肠腺癌。采用离心式蛋白组学反应器方法进行样本制备后,使用纳升级液相色谱串联质谱（NanoLC-MS/MS）及非标记定量蛋白质组学技术筛选及鉴定两组之间的差异蛋白，并对其进行生物信息学分析。2.从差异蛋白中选出以往未被发现和验证过的PRELP、SOD3蛋白和已被验证过的NGAL、S100A8蛋白，采用Western Blot方法进行验证。结果：1.应用非标记定量技术共鉴定出2619个蛋白，在结直肠癌组织和癌旁组织中分别鉴定出2281和2266个蛋白，374个蛋白在两组中表达水平有显著差异（P<0.05），其中181个蛋白在癌组织中表达上调，193个蛋白表达下调。生物信息学分析结果显示鉴定到的蛋白质主要存在于细胞质中（52.9％），参与多种生物过程，如细胞代谢和物质转运等。KEGG结果显示这些蛋白参与21种信号转导通路，其中匹配率最高的是核糖体通路及氧化磷酸化通路。2. Western Blot结果显示在结直肠癌组织中PRELP、SOD3表达下调，NGAL、S100A、表达上调，验证结果与蛋白质组学结果一致。结论:1.本实验共鉴定出2619个蛋白，374个差异蛋白，这些蛋白覆盖多种亚细胞部位，涉及多种生物过程和信号转导通路，这些结果可能为今后结直肠癌发病机制的研究提供有益线索。2.在结直肠癌组织中PRELP、SOD3表达下调，NGAL、S100A8表达上调，这些差异蛋白可能参与了结直肠癌的发生发展过程，有可能成为结直肠癌的早期诊断标记物。3.内镜下活检结合非标记定量蛋白质组学技术的方法可以用于结直肠癌的差异蛋白质组学研究。