感染一直是临床医学中的一个棘手问题,直到疫苗和抗生素的发现才为我们提供了对抗这一威胁的强大工具。然而,长期抗生素滥用情况导致了许多包括药物残留、细菌耐药性、环境污染等在内的公共卫生问题。因此,寻找安全有效的天然抗菌物质一直以来都是人们关注的热点问题。壳寡糖是由壳聚糖降解制得的一种功能性生物聚合物,因其拥有良好的抗菌作用而被广泛地应用于食品、农业等领域。现阶段制备壳寡糖的方法主要分为三大类:物理法、化学法以及酶解法。相较于物理法与化学法,酶解法反应条件温和、实验过程简单安全、终产物简单、无毒副产品生成、且大幅降低对环境的污染。壳聚糖酶CsnMY002是从枯草芽孢菌中分离得到的一种制备壳寡糖的新型酶类物质。在对该酶进行酶活性实验时发现,壳聚糖酶CsnMY002对壳六糖（Glc N）6的裂解方式为“3+3”的对称性裂解方式,而其两种突变体成功的将裂解方式转变为“4+2”的非对称性裂解,这种裂解方式可以有效地提高壳二糖的产量,从而提高终产物的商业价值。然而,导致不同突变体在裂解方式和构象上发生改变的原因尚不明确。因此,本文通过分子动力学对4个反应体系（7C6C-Free、7C6C-（Glc N）2、G21K-（Glc N）2、G21R-（Glc N）2）进行模拟实验,以探究其底物特异性情况。实验结果如下:首先,底物的结合可以激活蛋白质的活性构象,并且对活性区域和催化区域进行明显的伸缩变形。以壳聚糖酶CsnMY002为例,当对壳二糖或壳六糖进行对接时,CsnMY002中的活性区域可以通过拉伸变形等方式对壳聚糖分子进行快速募集,并在捕捉的同时迅速形成结构紧密的相互作用网络,通过催化残基的催化作用对壳聚糖进行降解。其次,壳聚糖酶发生点突变时,会使原有的催化残基部位产生不同的结合方式与催化作用,例如G21K与G21R的突变,导致原有降解位点发生不同的构象变化,从而影响了壳寡糖酶降解终产物的聚合度。最后,Arg37、Ile145Gly148以及Trp204位点都是壳聚糖酶CsnMY002的重要催化残基,其中Arg37能够在-1位点处形成两条稳定的氢键,使得壳聚糖分子可与壳聚糖酶二者形成更为紧密的复合结构,而Ile145Gly148位点是重要的结合与催化位点,在结合+1/-1位点的同时,可在Glu19位点的协同作用下对+1与-1位点之间的β-（1,4）-糖苷键进行催化降解。位于α9螺旋中的Trp204位点,也同样是重要的催化降解位点,在壳聚糖酶的突变体中,该位点可在Lys21或Arg21的协同作用下,对+1与+2位点间存在的β-（1,4）-糖苷键进行催化降解。研究结果对壳聚糖酶CsnMY002及其突变体的底物特异性进行详尽的解释说明,并对关键性结合位点与催化位点进行了专项研究,这些结果都可为未来获得更高效、特异性更强的壳聚糖酶突变体提供可靠的理论依据和新的开发思路。