自21世纪起,世界各国的经济都得到了快速的发展,金融市场的蓬勃发展催生了大量的公司,但同时也带来了许多问题,尤其是财务舞弊。在我国,财务舞弊现象屡见不鲜,其原因与企业的内部控制存在着一定的关联性。因此,我国监管部门从单一关注财务报表信息披露的情况,逐步转变为既要确保财务报表信息的质量,又要加强企业对内部控制体系的建设。我国财政部等五部委共同制定了一系列相关规范,强化了对公司内部控制有效性的监管,规定上市公司必须聘请注册会计师执行内部控制审计,并向公众披露相关信息。内部控制审计作为内部控制的再控制,它能有效地预防公司的盈余管理和财务舞弊,并对公司内部控制的有效性进行客观评价。然而,由于我国内部控制审计起步较晚,理论基础研究不足,在审计工作中也缺乏成熟的实践经验,使得注册会计师在执行内部控制审计时难免会暴露出一些问题。在此基础上,本文选取H会计师事务所对X乳业公司内部控制审计项目作为研究对象,采用文献研究与案例分析相结合的方法,并将整个审计过程划分成三个阶段。在审计计划阶段,本文着重描述了审计范围、风险识别与评估以及重要性水平的确定;在审计实施阶段,不仅对企业层面的内部控制审计情况进行了细致的描述,还重点分析了业务层面中销售与收款循环、采购与付款循环、生产与仓储循环和生物资产的内部控制审计;在审计完成阶段,主要展示了内部控制缺陷的评价过程以及出具内控审计报告。最后,针对上述三个阶段中内部控制审计存在的问题进行了分析,并提出了相应的改进策略。本文主要得出以下结论:（1）内部控制审计是评价企业内部控制合理性与有效性的重要手段,能够有效促进企业内部控制体系的优化与完善,但是在实际执行中存在诸多不足,比如审计人员安排不合理、重要账户的识别欠缺考虑、执行穿行测试不够严谨、选定拟控制测试的项目思路不明确、评价内部控制缺陷的标准不清晰等问题;（2）注册会计师在进行内部控制审计时,应根据金额标准与风险要素结合确定重要账户、合理配置审计人力资源、选择有效的关键控制点进行控制测试、提高穿行测试的严谨性、定量与定性结合的方式评价内部控制缺陷、保证内部控制审计的复核质量。