由于自然灾害类公共危机自身所具备的特性,其的发生带有许多的不确定性,使得政府在应对治理的过程中带来了很大的困难。政府组织在治理自然灾害类公共危机协同合作的过程中,常因部门的自利性,为追求部门利益而人为封锁信息致使资源分割形成孤岛现象的产生,导致部门间形成横向阻隔与孤立竞争的局面,造成政府组织部门条块分割、功能碎片化、权力碎片化等现象的发生。因此,政府部门间治理冲突和治理隔阂成为当前公共危机治理活动中所面临的重要问题。而整体性治理理论的核心就是以整合为手段,从源头上解决各种碎片化现象带来的问题,打破信息孤岛、功能孤岛、资源孤岛现象的局面,充分发挥整合效能。整体性治理内容中更多的是强调多元主体间的内外合作模式,恰巧与公共危机的处置思维、处置结构、应对主体三个维度上相契合,而区别在于整体性治理更加注重整合后的治理效果。在某一程度上,运用整体性治理理论处置公共危机事件的实质是化解传统科层体制下带来的压力,着力于构建完整的组织体系及其配套运行的协调机制、合作机制、约束机制和信任机制。从整个组织结构运行来看,整体性治理理论在自然灾害实践中的应用,更重视于自然灾害预警预防、过程处置、灾后修复等三个维度协同运行机制的建立,因此整体性治理理论实质为政府组织结构的整体治理能力的提升找准了方向。本文基于整体性治理等理论,通过调节自然灾害类公共危机治理系统中各政府部门之间的关系,完善应对公共危机组织体系,构建政府跨部门协同治理机制,使得自然灾害类危机治理系统各部门之间协同联动效果发挥最大化,最终实现治理自然灾害类公共危机的目标。本文结合都匀市“6.22”洪涝灾害案例,分析找到政府组织体系纵向、横向之间协同合作存在的不足,指出新公共管理模式下条块分割的弊端,提出政府组织间协同合作产生障碍的原因是政府跨部门协同治理机制尚未完善,存在“部门壁垒、信息孤岛”现象、应对无序缺乏规范等问题。本文在整体性治理相关理论的指导下,从加强政府组织纵向、横向联动配合的角度提出优化自然灾害类公共危机治理协同机制的模式。