由于遗传背景和环境对群体等位基因频率的影响,从而产生了群体分层现象,群体分层现象可能使得关联分析产生偏差,目前,关联检验的主要方法是基于家庭数据的关联分析以及基于群体数据的病例对照试验.基于家庭数据的关联分析是采用患者的生物学亲属作为虚拟对照,虽然在一定程度上可以纠正偏差,但是这种方法要收集有病个体的家庭的数据,比较困难,而且对于近期出现的疾病这种方法也是不太实际的.传统的病例对照试验可能由于群体分层现象的存在产生错误的结论,替代的方法有“基因组对照”方法和“结构化关联”方法等.近几年,Qizhai Li等以及Shuanglin Zhang等人提出来基因组关联分析的多步方法.本文利用一系列的独立的标记位点提出了一种基于相似性的关联分析.首先,采用相似度定义,利用一系列的独立的标记位点的基因型判断两个个体是否来自相同的群体,然后,通过比较群体内的病例组和对照组的等位基因的频率来进行关联分析.随机模拟的结果表明本文提出的方法能够控制住第一类错误率,并且有较高的功效.