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本文对核苷酸与水作用机理进行了理论研究。文章运用分子动力模拟和量子化学B3LYP/6-31G方法研究了腺苷单磷酸AMP和环腺苷酸单磷酸cAMP的构象及构象间的转化机理；利用B3LYP方法，在6-31G**基组下研究了生物体内几种重要的核苷酸5′-AMP→cAMP→3′-AMP之间的转化机理；使用B3LYP方法，在6-31G**基组下研究了5′-脱氧腺苷酸(5′-dAMP)的水化去氨基反应途径，通过坐标计算找到了两条反应途径。