从时间维度对无正当理由不行使的权利予以限制是各国（地区）立法的普遍做法,这种权利的时间限制制度被称为时效。关于时效制度,我国行政法律规范中规定了起诉期限,民事法律规范中规定了诉讼时效和除斥期间。作为公法与私法交融的产物,行政协议具有行政性和协议性的双重特征,起诉期限、诉讼时效和除斥期间三种时效制度在行政协议案件中都存在适用空间。诉讼类型化制度的重要价值在于通过对诉讼程序的梳理,实现案件审理规则的体系化。本文以诉讼类型化为视角,结合我国行政协议司法实践,探讨了不同时效制度在行政协议案件中应当如何适用的问题。本文正文分为四个部分:第一部分是关于时效制度的基本理论。首先,从构成要素角度出发,对时效的概念进行了界定。通过构成要素符合性的分析,明确起诉期限、诉讼时效和除斥期间均属于时效范畴。然后,对时效制度中权利主体利益、义务主体利益和公共利益进行衡量,主张立法对不同时效制度作差异化设置的根本原因在于利益保护的侧重点不同。最后,从理论和立法层面分析起诉期限、诉讼时效和除斥期间三种时效制度在行政协议案件中的可适用性。第二部分是对我国司法实践中行政协议案件时效适用现状的分析。首先,通过检索、搜集和整理裁判文书,对法院审理行政协议案件所作的裁判文书中时效适用情况进行统计,以了解时效制度在行政协议司法实践中的运作情况。然后,对我国司法实践中行政协议案件时效适用存在的问题进行了分析,认为其存在同种案件适用不同时效制度以及同一案件中不同时效制度相混用等问题。第三部分关注时效适用与诉讼类型化的关系。民事诉讼中诉讼时效和除斥期间的适用与诉讼类型具有一定的关系,域外及我国台湾地区行政诉讼针对不同诉讼类型设置了不同时效制度。诉讼类型化为解决我国司法实践中行政协议案件时效适用存在的问题提供了方案,即以诉讼类型化为视角,划分不同时效制度在行政协议诉讼中的适用范围。第四部分研究不同时效制度适用的具体行政协议诉讼类型。结合行政协议的特殊属性,以诉讼对象和诉讼请求为标准构建行政协议诉讼类型的双层结构。以诉讼对象是否涉及行政优益权为标准,将行政协议诉讼分为优益权诉讼与非优益权诉讼。在此基础上,以原告的诉讼请求为标准,对行政协议诉讼进一步类型化。行政协议优益权诉讼包括行政行为撤销之诉、课予义务之诉和行政行为确认之诉,行政协议非优益权诉讼分为一般给付之诉、协议形成之诉和协议确认之诉。以诉讼类型化为基础,对行政协议案件中不同时效制度适用范围进行明确划分。起诉期限适用于行政行为撤销之诉和课予义务之诉,诉讼时效适用于一般给付之诉,除斥期间适用于协议形成之诉。行政行为确认之诉和协议确认之诉不受时效的限制,但提起确认诉讼要求符合“补充性规则”和“诉的利益规则”。