党的十九大报告指出,我国经济已由高速增长阶段转向高质量发展阶段,须进一步解决经济发展的不平衡和不充分问题,以满足人民对美好生活的向往;而新疆作为我国面积最大的省级行政区,改革开放以来虽然经济也实现了较快发展,但由于地域辽阔,各地州市间的地缘优势、自然禀赋和产业结构等因素存在较大差别,使得疆内存在明显的经济差异,这既影响了经济发展的协调性和共享性,也不利于新疆总体经济高质量发展水平的提升。因此,在此背景下厘清区域经济差异与经济高质量发展的关系,对于防止新疆经济差异的继续拉大,促进新疆经济高质量发展具有重要的研究意义。本文基于新疆14地州市2000-2019年的面板数据,首先分别运用标准差、变异系数、基尼系数和dagum基尼系数分析了新疆各地州市在研究样本期间经济差异的现状和演变趋势,再依据“五大发展理念”构建新疆经济高质量发展的指标体系,利用熵值法、泰尔指数分析了新疆各地州市的经济高质量发展水平的现状和差异性,最后构建空间计量模型,实证分析区域经济差异对于新疆经济高质量发展的具体影响,通过研究得到以下具体结论:（1）研究样本期间,各地州市间的绝对经济差异在不断的上升,而相对差异则波动下降;从相对经济差异的来源来看,北疆区内差异波动下降,南疆的区内差异近似成倒“U”型波动,南北疆的区间差异和超变密度皆近似成“U”型波动趋势;从各差异的贡献度来看,总体经济差异主要来源于区内差异和区间差异,且区内差异一直占据着主导地位,而超变密度所起的作用则较小;各地州市内部绝对差异波动上升,而相对差异的波动则分为五类。（2）新疆各地州市的经济高质量发展水平皆呈现波动上升的态势,但是其发展水平仍然处于较低阶段,五大子系统的权重从大到小依次为共享发展、创新发展、绿色发展、协调发展和开放发展。同时,新疆经济高质量发展水平的总体差距呈现波动上升的态势,但是总体增幅较小;其中区内差异呈现波动上升的态势,区间差异则变动较小,并且区内差异一直构成各地州市经济高质量发展水平空间差异的主要因素。从五大子系统来看,各地州市的五大子系统皆有微幅的上升,且各地州市经济高质量发展水平的差距主要来源于各地州市开放发展和创新发展子系统。（3）总体上,区域经济差异显著的阻碍了新疆经济高质量发展,且这种负面影响存在空间效应,其中直接效应占据主要地位,同时对相邻地州市也会产生间接影响。基于上述结论,本文从以下几方面提出相应的政策建议:缩小区域经济差异,提高协调和共享发展水平;提高创新、绿色和开放发展水平,助推经济高质量发展;充分发挥城市化、政府调控的作用,优化资本和工业结构。